电子合同纠纷的管辖法院通常由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十条的规定,合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖,但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
在具体操作中,如果被告住所地与合同履行地不一致,则可以选择被告经常居住地或者其财产所在地的人民法院提起诉讼。同时,根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第二十三条的规定,对于涉外合同纠纷案件,如果被告在中国境内没有住所地,那么可以根据合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点确定管辖法院。
此外,根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十八条的规定,因侵权行为提起的诉讼,由侵权行为地(包括侵权行为实施地、侵权结果发生地)或者被告住所地人民法院管辖。因此,如果电子合同涉及侵权问题,也可以选择侵权行为地或者被告住所地的人民法院管辖。
总之,电子合同纠纷的管辖法院通常是被告住所地或者合同履行地人民法院。在实践中,当事人可以通过书面协议选择管辖法院,但必须符合法律规定的条件,并确保所选法院与争议有实际联系。在处理电子合同纠纷时,建议当事人咨询专业律师,以便更好地维护自己的权益。